《元素觉醒》副本系统包括材料副本、图书馆、八阵图。材料副本需要主角升级进行解锁副本。材料副本可以掉落少量各种进阶丹和绑定钻石，以及强化装备需要的材料。
图书馆可以获得大量的进阶丹、经验以及绑钻，首通及通关后还有额外的奖励。
八阵图可以掉落大量经验以及金币，可以进入阵图商店用金装碎片购买稀有或者限购物品。
