综合我知道的推测1代剧情。。。当时没考虑到漫画版，感谢kin1226 同学 指出不对的地方 附上结尾曲歌词，这个对剧情理解很重要

gasxsnake

其实结尾曲意思表达的很明显了，看来有与漫画矛盾的地方

我觉得可能是v社后来改注意了，一开始这个游戏比较小品级，v社有没有考虑续作都是个问题，后来大获成功，于是改变了方向为续作打下铺垫。
所以我说的这些应该是基于原来的剧情路线，大家看看就好

综合我看到的资料推测，       （黑山和光圈科技的竞争略过不讲了）
据说 Glados 杀了大部分研究人员，只是据说，不能确定
之后接到hl2的时间线，combine入侵地球，Glados与外界失去联系， 最后对决时她说“我甚至不知道外面发生了什么”
再通过结尾曲（still alive）和最后一大关的存档名字（实验室19），就知道了，这一切都是Glados在测试主角的能力，包括实验室19让主角以为自己逃脱了，包括主角打败Glados她自己（不过没死，模块还多的呢），很明显放毒气那段是在骗主角，很明显她本来就不受道德模块的限制，可能只是再一次愚弄主角。。。
通过结尾曲就知道Glados是在为还活着的人努力，她知道外面出事了但不知道是什么，于是通过实验选出她认为可以胜任的人，然他们拿着门枪去外面为还活着的人战斗
（可能门枪有限，所以实验比较残酷，Glados本来就有点没人性。。。） （ 可能一方面Glados还想继续和黑山竞争传送门实验，不过这已经没啥意义了）
最后就让主角飞出去了（带着枪没有我忘了）
不过可能Valve后来改变主意了，又加了一段主角被拖走的视频，所以可能为了续作改变了原意，把主角又抓回去了？。。。
这些就看过几天的传送门2喽。。
有点乱。。。
Glados性格太矛盾了，一方面杀人做实验，一方面为了还活着的人。。。 ps：资料说主角和Glados都是同一个人配的音
附上歌词
Still Alive
    This Was A Triumph   这是一次大胜利
  I''m Making A Note Here:  我要做点记录：
  HUGE SUCCESS     巨大的成功！
  It''s hard to overstate   难以用语言表达
  my satisfaction.  我的满足
  Aperture Science   光圈科技
  We do what we must   我们的做我们必须做的
  because we can.   因为我们可以做大
  For the good of all of us.     为了我们美好的一切
  Except the ones who are dead. 除过那些死掉的人

  But there''s no sense crying  over every mistake.在每次犯错后，哭也是毫无意义的
  You just keep on trying 继续尝试
  till you run out of cake. 直到”用完蛋糕
  And the Science gets done. 直到我们的科技完成
  And you make a neat gun. 你充当一头小白鼠
  For the people who are 为了那些仍然活着的人
  Still Alive

  I''m not even angry.        我甚至都不生气
  I''m being so sincere right now.     我现在是如此的纯真
  Even though you broke my heart.   哪怕你使我心碎
  And killed me.   而且杀了我
  And tore me to pieces.  将我撕成碎片
  And threw every piece into a fire. 扔进烈火里
  As they burned it hurt because   碎片依然燃烧的那么凶
  I was so happy for you! 因为我为你如此高兴！
  Now these points of data make a beautiful line.现在这些数据成了如此美力的一条线
  And we''re out of beta.  我们不再是试验产品了
  We''re releasing on time. 我们从时间获得解放
  So I''m glad. I got burned. 我如此开心，我被烧了
  Think of all the things we learned   想想我们学到的东西
  for the people who are 为了那些仍然活着的人们
  still alive.

  Go ahead and leave me. 前进吧，留下我
  I think I prefer to stay inside. 我想我还是愿意呆在里面
  Maybe you''ll find someone else 可能你会找到其他人帮你
  to help you.
  Maybe Black Mesa. . .  可能黑山基地
  THAT WAS A JOKE. HAHA FAT CHANCE.也是一个骗局，哈哈，好机会。
  Anyway. this cake is great. 不管怎么样，蛋糕很棒
  It''s so delicious and moist.  如此美味
  Look at me still talking 看着我，当我还能说话的时候
  When Theres Science to do. 当还有实验的时候，
  When I look out there, 我望向窗外
  it makes me glad I'm not you. 我真高兴，我不是你
  I''ve experiments to run. 我还有实验要做
  There is research to be done. 还有研究要做
  On the people who are 为了那些依然活着的人
  still alive.

  And believe me I am still alive. 相信我，我还活着

  I''m doing Science and I''m still alive. 我还活着，而且我在做实验

  T feel fantastic and I''m still alive. 如此难以置信，我还活着

  While you''re dying I''ll be still alive. 当你快死了，我也活着

  And when you''re dead I will be still alive.当你死了，我依旧活着

  STILL ALIVE  依旧活着

感谢kin1226 同学 指出不对的地方
--据说Glados 杀了大部分研究人员，只是据说，不能确定
这是确定了的事，在漫画LAB RAT中GLaDOS装上道德核心之后，跟研究人员表示自己经已没有杀人的意欲，并要求几样物品作实验（薛定谔的猫），包括猫和神经毒气…

--之后接到hl2的时间线，combine入侵地球，Glados与外界失去联系， 最后对决时她说“我什至不知道外面发生了什么”
她是知道的外界情况的，Still Alive歌词中就有暗示：
When I look out there,
it makes me GLaD I'm not you.
当我看着外面的世界时，我真庆幸我不是你
至于对决时的对白我不是记得太清楚，不过大概是因为语法问题被误会了

--再通过结尾曲（still alive）和最后一大关的存档名字（实验室19），就知道了，这一切都是Glados在测试主角的能力，包括实验室19让主角以为自己逃脱了，包括主角打败Glados她自己
GLaDOS真的当了，P2时也指责主角谋杀了她。 LAB RAT也中有提过主角成功引起「终极的系统崩溃」

--通过结尾曲就知道Glados是在为还活着的人努力，她知道外面出事了但不知道是什么，于是通过实验选出她认为可以胜任的人，然他们拿着门枪去外面为还活着的人战斗
GLaDOS才没有这么善良啦

--最后就让主角飞出去了
--不过可能Valve后来改变主意了，又加了一段主角被拖走的视频，所以可能为了续作改变了原意，把主角又抓回去了？
主角之所以飞出去时因为GLaDOS当机引起的旋风和爆炸，情况按LAB RAT当中形容就像是「不平衡的离心机」，所以不是GLaDOS主动送她出去