科技女没死为什么到最后woods还是死了并且boss成功越狱？

chp3833782

前几天就已经通关了当时还不知道有完美结局一说，今天早上看到有完美结局记下所有流程重新再玩了一次，我的选择如下：

1.阿富汗回忆关卡中，让WOODS开枪杀死克里夫琴科.
2.开曼群岛,科技女被救并且boss副手被杀。
3.回忆关卡抓捕诺列加关,射击老梅森的双脚,这个我当时没等那个内奸说开枪我就直接射小腿上了，结果射了人倒地画面没啥反应我又向小腿补了一枪，然后开始CG。
4.指挥关卡中，第一个印度基地那我第一次失败了，第2次成功了；DF导弹指挥关卡中，我第一次也失败了第2次才成功。但是我上网查不是有4个吗？怎么我这才2个呢？是我漏了什么东西吗？求大神解答。
5.扮演BOSS内奸那关，选择击杀梅森基友。
6.航母中，选择不杀将军，结果最后航母还是沉了而且陈部长没有说谢谢还是很生气。。。当时我就又不好预感。
7.最后一关，选择不杀BOSS。

原本以为能安心看下完美结局视频了，结果视频放出来我就囧了，BOSS病毒没有被破解，而且放询问能否破解那个病毒的片段时候没见科技女出现，是一个男的；然后老梅森跟woods相聚，但是重点是没见小梅森，擦。。。我就囧了；接下来画面还到监狱里的boss，一阵警报过后boss越狱成功然后跑出来灭了woods。。。。。。
这到底是怎么回事呢？我查了下指挥关卡好像不会影响最终boss杀死woods的阿，求大神解答